Atomの設定を複数のマシンで共有したり、新しく買った別のマシンに移行するときは、sync-settingsというpackageを使うのがオススメです。
使い方は、↑のリンク先にあるとおりです。Githubのアカウントがあれば使えます。
init scriptやkeymap, スニペット、自分でインストールしたpackageを複数マシンで共有できます。Atom自体の設定も共有できます。便利！
なぜsync-settingがいいのか
自分は最初 .atomをDropboxに入れて、シンボリックリンクを貼る方法を試しました。しかしキャッシュファイルなど頻繁に更新されるファイルも共有され、Dropboxの同期が頻繁に走ってしまいました。また、packageやそれが依存しているnode_moduleなど大量のファイルが.atomに入っているため、アップロードに時間がかかりました。
.atomではなく必要なファイルのみ共有することも考えましたが、keymap.csonやinit.coffeeなど複数あるので、１つ１つ対応するのはめんどうです。
別の方法として、atom.io上でpackageにstarをつけておき、apm starred -iでインストールする方法もありますが、これだとinit scriptやkeymapまでは共有できません。
いろいろググっていたら、Syncing settings & packages between machines - features - Atom Discussionを見つけ、sync-settingsの存在を知り、実際につかってみたらすんなり設定を共有できました。
今のところ手動で設定をアップロード／ダウンロードする必要があります。将来的には自動で同期できるようにするとのことです。