特定の場所でUnloadSceneをするとUnityがフリーズするバグに見舞われていて
http://qiita.com/vjbab/items/62d43b57bc1e3740a4d1
https://issuetracker.unity3d.com/issues/unity-hangs-on-scenemanager-dot-unloadscene
おそらくこのあたりで紹介されているもの
I found i way around this, instead os just calling UnloadScene, create a coroutine that when the trigger recives a on enter event wait for the end of frame then unload the scene.
Like this:
yield return new WaitForEndOfFrame();
SceneManager.UnloadScene("MyScene");
結局こんな感じに処理して対応してたんだけどUnity5.5でUnloadSceneAsyncが追加されてた。
SceneManager: UnloadScene has now be marked deprecated and will throw an exception if called at illegal times. UnloadSceneAsync should be used instead (762371)
上記のissueのIDと一致してるし、これからはUnloadSceneAsync()を使えばいいらしい。