スクリプト経由でAssetBundleNameを付加する方法

// プロジェクトフォルダからの相対パス指定でないとダメっぽい
var assetPath = "Assets/Hogehoge.txt";
var importer = AssetImporter.GetAtPath( assetPath );
importer.assetBundleName = "bundleName";
importer.SaveAndReimport();

エディタスクリプトでアセット生成した直後にAssetBundleNameを設定しちゃいたいとか、複数のファイルに対して一括でAssetBundleNameを設定しちゃいたいときに使えると思います。
アセットに対するAssetBundle関連の設定はすべてAssetImporterからやるようです。