登録URL
「検索エンジンの管理」 chrome://settings/searchEngines で
http://qiita.com/search?stocked=1&q=%s
キーワードはqでもqiでもqiiでも適当にしてください（わたしはqiにしています）。
名前も「Qiitaストック」とか適当に。
タグで絞った検索
この検索は全文検索です。そのため、自分がストックした投稿 全て を対象として検索が行われます。単純な検索ワードだと検索結果が多くなることもしばしばです。
せっかくタグがあるのですから、タグで絞った検索をして、探し求めているストックを早く見つけましょう。
例えばRubyタグに絞った検索をする場合には
- キーワード
qiスペースで検索エンジン表示を出してからtag:ruby <検索ワード>
のように、<検索ワード>に加えてtag:rubyを入れましょう。
ただしtag:のあとに空白を入れると、タグで絞られずにruby <検索ワード>で検索されてしまうので注意しましょう。
補足1：登録するURLについて
検索後のURLを元にして登録するならば
http://qiita.com/search?utf8=%E2%9C%93&sort=&q=%s&stocked=1
なのですが、utf8=%E2%9C%93（utf8=✓）とsort=は無くても問題ないと思われます（コメント欄でご指摘求む）。Windowsだとutf8=✓が必要なのかしら。
というか、sortの機能を知りたい（検索結果の順序の意味が分からない…）。
また、この投稿の意味からズレてしまいますが、stocked=1を無くすとストックに限られず、全投稿からの検索になります。
追記：sortの値で検索順を変える
Qiitaの検索結果をストック数順に表示する - Qiita
に幾つか載ってました。
-
sort=stock：ストック数の多い順 -
sort=created：投稿日の新着順
補足2：登録方法
「検索エンジンの管理」で新たに全て書き込むのは面倒なので、Qiitaの検索部分で✓ ストックした投稿を検索になっているのを確認した上で右クリックし、「検索エンジンとして追加…」で表示されるダイアログ
で項目を追加しておいてからchrome://settings/searchEnginesで改めて修正するのが楽ではないかと思います。