基本はプラグインを入れていればGoogle App Engine（以下GAE）のプロジェクトをそのままインポートするだけで大丈夫ですが、
少し落とし穴があります。
EclipseのGAEプラグインでプロジェクトを新規作成したときにできるサンプルプログラムは
Google Web Toolkit（以下GWT）を使っているんですが、
単純にそのままIntelliへ移行するとこのGWTを使っているプログラムが原因で
コンパイルが通りません。
IntelliJはGWTを標準でサポートしていますのでSDKにパスを通すだけです。
SDKをダウンロードしていない場合はGoogle Developersからダウンロード
対象となるGAEのプロジェクトのProject Structureを開き、
Facetsで+ボタンを押してGWTを追加。
DefaultsタブでSDKのディレクトリを指定。
これでコンパイルが通るようになります。
Eclepseのプロジェクトをそのままインポートすると
Project StructureのModules＞Dependenciesタブで
GWT関連の設定がエラーになりますが、
これはEclipseのプラグインが自身のライブラリを参照しているためで、
GWTのSDKにパスを通せば不要になりますので削除してください。