あるソースファイルを読み込んだ時にflymakeでエラーになり、またファイルを開こうとするとEmacsがフリーズして使えなくなる状態が起きていました。
どうも次の設定をしておくと幸せになれるみたいです。
flymake-config.el
(defadvice flymake-post-syntax-check (before flymake-force-check-was-interrupted)
(setq flymake-check-was-interrupted t))
(ad-activate 'flymake-post-syntax-check)