Gemfileを一時的に以下のように変更し、bundleを実行
Gemfile
source "http://bundler-api.herokuapp.com"
# source 'http://rubygems.org'
おそらく近頃 rubygems.org のサイトの問題があり、bundler 1.0.X の時代で遅くなっていた頃と近い状態になっていて、bundleコマンドが遅くなっている。
gem metadata の取得先をミラーリングするような形で、対応しているものと思われる。
特にインストール済みのgemの照合時間が短縮されている？
（上記の対応は一時的なものでコミットはすべきではない）
情報元: Rubygems and the Dependency API
いろいろ他に何度も調べはしたが、どれも試そうとはしてこなかったが、
ようやく試してみようと思ったきっかけは Ruby5
やはり最速のRuby情報源