指定したい拡張子のファイルを開いている時にメニューから
Sublime Text -> Preferences ▶ Settings - More ▶ Syntax Specific - User
Markdown.sublime-settings / YAML.sublime-settings
{
"trim_trailing_white_space_on_save": false
}
理由としては、Markdownで行末にスペース2つで改行するパターンがあるのと、YAMLはrailsのlocaleを自動生成するような仕組みを使っている時に、valueが無いkeyの行末がスペースになるので、それらが削除されるのを防ぐため
(gitはgitで設定とかaddの方法次第で行末のスペースを自動削除してしまうので注意が必要)