@WebFilter アノテーションで Filter を定義できるようになったけど、順番は指定できない。残念です。

順番を指定したい場合は web.xml に記述する。
ただし、 @WebFilter で filterName と urlPatterns を指定していれば、 url-pattern タグは内容を省略可能。

HogeFilter.java

package sample.filter;

import java.io.IOException;

import javax.servlet.Filter;
import javax.servlet.FilterChain;
import javax.servlet.FilterConfig;
import javax.servlet.ServletException;
import javax.servlet.ServletRequest;
import javax.servlet.ServletResponse;
import javax.servlet.annotation.WebFilter;

@WebFilter(filterName="hoge-filter", urlPatterns="/hoge")
public class HogeFilter implements Filter {

    @Override
    public void doFilter(ServletRequest request, ServletResponse response, FilterChain chain) throws IOException, ServletException {
        chain.doFilter(request, response);
    }

    @Override public void init(FilterConfig filterConfig) throws ServletException {}
    @Override public void destroy() {}

}

FugaFilter.java

package sample.filter;

import java.io.IOException;

import javax.servlet.Filter;
import javax.servlet.FilterChain;
import javax.servlet.FilterConfig;
import javax.servlet.ServletException;
import javax.servlet.ServletRequest;
import javax.servlet.ServletResponse;
import javax.servlet.annotation.WebFilter;

@WebFilter(filterName="fuga-filter", urlPatterns="/fuga")
public class FugaFilter implements Filter {

    @Override
    public void doFilter(ServletRequest request, ServletResponse response, FilterChain chain) throws IOException, ServletException {
        chain.doFilter(request, response);
    }

    @Override public void init(FilterConfig filterConfig) throws ServletException {}
    @Override public void destroy() {}

}

web.xml

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<web-app xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"
         xmlns="http://java.sun.com/xml/ns/javaee"
         xmlns:web="http://java.sun.com/xml/ns/javaee/web-app_3_0.xsd"
         xsi:schemaLocation="http://java.sun.com/xml/ns/javaee http://java.sun.com/xml/ns/javaee/web-app_3_0.xsd"
         id="WebApp_ID" version="3.0">

  <filter-mapping>
    <filter-name>hoge-filter</filter-name>
    <url-pattern />
  </filter-mapping>

  <filter-mapping>
    <filter-name>fuga-filter</filter-name>
    <url-pattern />
  </filter-mapping>
</web-app>

url-pattern タグを完全に消してしまうと XML のスキーマ定義に違反してしまうので、タグだけ書く必要がある。

参考

java ee - How to define Servlet filter order of execution using annotations - Stack Overflow

Servlet3.0でFilterの順序を指定する

参考