Macではターミナルとかで起動させれば複数起動できます。
% open -n /Applications/Unity/Unity.app
WindowsではタスクバーにでているUnityアイコンの右クリックし、AltをおしながらUnity.exeをクリックする。
但し、既に開いているプロジェクトをもう一個開くことはできないのであしからず。
プロジェクトをコピーして開くしかない模様。
蛇足ですが複数のプロジェクトで同時作業したかったのですが
monodevelopで複数ソリューションを開くのがよくわからなかったので、Unityを2つインストールしてそれぞれで別プロジェクトを開いてmonodevelopをそれぞれ開くといけました。
そのかわりUnityが2つ、monodevelopが2つ起動されます。。。