はじめに
$ vagrant ssh したときはログインできるのに、FTPクライアント(Cyberduckなど)からはログインできないときの解決法です。
Vagrant用に作成されたボックスからサーバを構築すると、通常はユーザ名がvagrant、パスワードもvagrantのユーザが作成されます(ボックスによってはそうでない場合もあります。詳しくは後述します)。
ところが、FTPクライアントで、ユーザ名vagrant、パスワードvagrantでログインしようとしても失敗することがあります。でも $ vagrant ssh ではログインできます。
こういうときは鍵認証でログインすることができます。
公開鍵認証を使用する
サーバが起動している状態でVagrantfileがあるディレクトリに移動して $ vagrant ssh-config を実行すると以下のように表示されます。
Host default
HostName 127.0.0.1
User vagrant
Port 2200
UserKnownHostsFile /dev/null
StrictHostKeyChecking no
PasswordAuthentication no
IdentityFile /Users/username/path/to/servername/.vagrant/machines/default/virtualbox/private_key
IdentitiesOnly yes
LogLevel FATAL
FTPクライアントの設定でパスワード認証を公開鍵認証に変更します。するとファイルを選択するダイアログが表示されますので、上記コマンドで表示されたIdentityFileのパスを指定します。
ただしこのパスは隠しフォルダ内にあるので、OSの設定によっては隠しフォルダを表示するように設定する必要があります。Macではファイル選択画面でcommand+shift+gを押すとファイルのパスを入力できるようになるので、そこにIdentityFileのパスをコピペして選択ボタンを押せばOKです。
ちなみにVagrant用に調整されていないボックスでは、ユーザ名がvagrantではない(パスワードもvagrantではない)場合があります(たとえばUbuntuではユーザ名がubuntuだったりします)。FTPクライアントで設定するユーザ名は必ずvagrantとは限らないことに注意してください。$ vagrant ssh-config で表示されたUserの項目に表示されたユーザ名を指定してください。
正しくユーザ名、秘密鍵のパスを指定すればログインできるようになります。
さいごに
（PasswordAuthentication no となっていても）ボックスによってパスワードでログインできるものとそうでないものがあります。この違いが何なのかはわかりませんが、パスワードでログインできないときは公開鍵認証でのログインを試してみてください。