OS X 10.11にアップデート後、Xcodeで"Product" -> "Archive"する際に「codesignがlogin.keychainキーチェーンにアクセス許可を求めています」というダイアログが表示され、「許可」「常に許可」のボタンを押しても全く反応しない場合があります。
この現象は、MagicPrefsなどのマウス関連のユーティリティが動作している場合に起こる可能性があります。
ユーティリティを無効化した後、上記のダイアログが出ても「許可」「常に許可」のボタンをクリックできました。
参考: code sign wants to sign using key - Doesn't allow or always allow but deny works