iOS9で Settings.bundle, Root.plist を使った設定を持っているアプリを更新すると、
設定で、設定できなくなります。
とりあえずの対応方法は、"設定”アプリを強制終了して、再起動することです。
めっちゃ悩んだのですが、これで解決です。アップデートした後にはまります。
以下に情報がありました。みんな悩んでました。明らかに iOSのバグです。（iOS9.2.1 でも治ってません。またハマってしまった。）
https://forums.developer.apple.com/thread/9853