他のディストリビューションは知りませんが RHEL/CentOS 6 や 7 なら /etc/sudoers.d/ の中に作成したファイルも sudoers として有効になります。
visudo -f /etc/sudoers.d/wheel
いつもこんな感じです。
%wheel ALL=(ALL) NOPASSWD: ALL
Defaults:%wheel !requiretty
Defaults:%wheel env_keep += SSH_AUTH_SOCK
RHEL/CentOS 5 でも /etc/sudoers に次の行を書いておけば /etc/sudoers.d/ を有効にできます。
# includedir /etc/sudoers.d
ぱっとみコメントアウトされているように見えますが、この # はコメントを意味するものではありません。#include や #includedir だけは行頭の # がコメントにはなりません。