たとえばディレクトリ/foo/barの直下にa.xml/b.xml/c.xmlという3つのxmlファイルがあり、この3つだけをおさめたzipファイルを作りたいとします。つまり「zipファイルを解凍すると、解凍ディレクトリの直下に3つのxmlファイルが格納されている」という状態にしたいわけです。
さてこのとき思わず次のようなzipコマンドを打ち込みたくなります。
zip /foo/bar/hoge.zip /foo/bar/*.xml
この結果によってディレクトリ/foo/bar直下に生成されたhoge.zipを解凍してみると、ディレクトリ構造が温存されていることがわかります。つまりhoge.zipを解凍すると、まずfooというディレクトリがあり、その直下にbarがあって、そこをさらに潜って初めてa.xml/b.xml/c.xmlが現れます。言い方を変えるとzipファイルには/foo/bar/a.xml, /foo/bar/b.xml, /foo/bar/c.xmlが圧縮されたような形になっています。
これを回避する、つまりディレクトリ構造を無視してファイルだけをzipとして圧縮したい場合は-jオプションを使います。
zip -j /foo/bar/hoge.zip /foo/bar/*.xml
こうするとhoge.zipを解凍したディレクトリの直下にa.xml/b.xml/c.xmlの3つが格納されています。