rootViewControllerのときだけNavigationBarを非表示にさせる

rootViewControllerに以下を設定。

rootViewController.swift

override func viewWillDisappear(animated: Bool) {
    navigationController?.setNavigationBarHidden(true, animated: true)
}

配下のViewControllerに以下を加えればできると思います。

SampleViewController.swift

override func viewWillDisappear(animated: Bool) {
    navigationController?.setNavigationBarHidden(true, animated: true)
}

override func viewWillAppear(animated: Bool) {
    navigationController?.setNavigationBarHidden(false, animated: true)
}