Live2Dでアイドルモーションしつつ、顔だけモーション変えたいという場合に有効な方法をメモしておきます。
やり方は簡単で、モーション管理してるクラスのMotionQueueManagerを2つ作ればできます。
開発環境
・Live2D_SDK_Unity_2.1.00_1_jpのMotionプロジェクト
・Unity 5.2.0
複数モーション再生のやり方
1)まずは顔だけのモーションを作ります。
SDKサンプルのモーションファイル(.mtn)を開き、顔以外のパラメーターは削除しました。
ここではざっくりやりますが、本当は尺の長さは再生するもう1つのモーションと合わせた方がいい感じになるかと思います

2)Live2D Viewerで動作確認
モーション1を再生しつつ、顔だけモーション再生してみます
3)ソースを修正して、Inspectorにモーションファイルをアタッチ
SimpleModel.cs
using UnityEngine;
using System;
using System.IO;
using System.Collections;
using live2d;
[ExecuteInEditMode]
public class SimpleModel: MonoBehaviour 
{
	private Live2DModelUnity live2DModel;
    private Live2DMotion motion;
	private Live2DMotion faceMotion;			// Add
	private MotionQueueManager motionMgr;
	private MotionQueueManager faceMotionMgr;	// Add
    private Matrix4x4 live2DCanvasPos;
    public TextAsset mocFile ;
    public Texture2D[] textureFiles ;
    public TextAsset motionFile;
	public TextAsset faceMotionFile;	// Add
	void Start () 
	{
        Live2D.init();
        live2DModel = Live2DModelUnity.loadModel(mocFile.bytes);
        for (int i = 0; i < textureFiles.Length; i++)
        {
            live2DModel.setTexture(i, textureFiles[i]);
        }
        float modelWidth = live2DModel.getCanvasWidth();
        live2DCanvasPos = Matrix4x4.Ortho(0, modelWidth, modelWidth, 0, -50.0f, 50.0f);
        motionMgr = new MotionQueueManager();
		faceMotionMgr = new MotionQueueManager();	// Add
		motion = Live2DMotion.loadMotion(motionFile.bytes);
		// Add
		faceMotion = Live2DMotion.loadMotion(faceMotionFile.bytes);	
	}
	
    void Update()
    {
        if (live2DModel == null) return;
        live2DModel.setMatrix(transform.localToWorldMatrix * live2DCanvasPos);
        if (!Application.isPlaying)
        {
            live2DModel.update();
            return;
        }
        if (motionMgr.isFinished())
        {
            motionMgr.startMotion(motion);
        }
        motionMgr.updateParam(live2DModel);
		// Add
		if (faceMotionMgr.isFinished())
		{
			faceMotionMgr.startMotion(faceMotion);
		}
		
		faceMotionMgr.updateParam(live2DModel);
		live2DModel.update();
    }
	
	void OnRenderObject()
	{
        if (live2DModel == null) return;
		live2DModel.draw();
	}
}


