gitサーバ管理者視点。
$HOME/.gitolite.rcにレポジトリのルートディレクトリが定義してあるのでそれをいじる。
ドキュメントによると.gitolite.downを置いてから作業するといいみたい。
$REPO_BASE="repositories";
を
$REPO_BASE="/var/git/repos";
とか。絶対パスでも相対パスでもOK。
相対パスの場合は$HOME以下のディレクトリを指定可能。
設定を変えたらレポジトリ本体を移動させるのを忘れずに。
mv $HOME/repositories/* /var/git/repos/