Djangoの標準ORMは速度的な問題があったりするので、SQLAlchemyを使いたくなる場合があります。
しかし、SQLAlchemyのマイグレーションはこれもあまりイケてないので、かわりにAlembicを使ってマイグレーションを行いたいと思います。

それぞれ独立したモジュールなので各々DBの設定は異なる方法で行っています。バラバラに書くのは面倒なのでSQLAlchemyとAlembicはDjangoの設定を参照する形にしました。

ファイル構成

まず、以下のようなファイル構成を想定します。

myProject/ +--- manage.py
           +--- alembic/ ---+-- env.py
           |                +--- 他
           +--- alembic.ini
           +--- myProject/ -+-- settings.py
           |                +--- 他
           +--- myApp/ -----+-- models.py
                            +--- 他

Djangoの設定

これは標準的な設定方法でそのままにします。
mysqlを使う想定です。

settings.py

# Database

DATABASE_ENGINE = 'mysql'
DATABASES = {
    'default': {
        'ENGINE': 'django.db.backends.mysql',
        'NAME': 'xxxx',      # 適当です
        'USER': 'xxxx',      # 適当です
        'PASSWORD': 'xxxx',  # 適当です
        'HOST': 'xxxx',      # 適当です
        'PORT': 'xxxx',      # 適当です
        'OPTIONS': {},       # 必要があれば
    }
}

SQLALCHEMY_OPTIONS = {} # SQLAlchemyに設定を行う必要があれば

SQLAlchemyの設定

sqlalchemyはsessionを作る際にDBの設定をする必要になります。
myProject/myProject に db.py というファイルを作りsessionを作る必要がある場合このファイルを読み込んでsessionを作れるようにします。

myProject/myProject/db.py

# -*- coding: utf-8 -*-
"""db session and util."""

from myProject import settings

import sqlalchemy.orm

from sqlalchemy.engine.url import URL

def db_url():
    db_settings = settings.DATABASES['default']
    url = URL(drivername=settings.DATABASE_ENGINE,
        database=db_settings['NAME'],
        username=db_settings['USER'],
        password=db_settings['PASSWORD'],
        host=db_settings['HOST'],
        port=db_settings['PORT'] or None,
        query = getattr(db_settings, 'OPTIONS', {})
        )
    return url

def create_engine():
    try:
        url = db_url()
    except:
        raise
    options = getattr(settings.DATABASES['default'], 'SQLALCHEMY_OPTIONS', {})
    engine = sqlalchemy.create_engine(url, **options)
    return engine

def make_session():
    Session = sqlalchemy.orm.sessionmaker(bind=create_engine())
    session = Session()
    return session

Alembic

基本的にalembicのDBの設定はalembic.iniから設定します。
しかし、これだとそのままではsettings.pyファイルから参照する形ではなく不便なので、alembic/env.py で動的に設定します。

env.py

### 一部抜粋
import os
import sys

from alembic import context

# このファイルがある位置的にそのままだとsettingsが読み込めないのでパスを通す
path = os.path.join(os.path.dirname(__file__), '../')
sys.path.append(path)

from user import models
from myProject.db import db_url

config = context.config

# URLを設定
url = str(db_url())
config.set_main_option("sqlalchemy.url", url)

Django + SQLAlchemy + Alembic を使うときのDB設定

ファイル構成

Djangoの設定

SQLAlchemyの設定

Alembic