たとえば開発環境などで
mysqld_safe --skip-grant-tables &
などとして、 systemctl などを利用せず手動でmysqlを起動しますよね。
MySQLは複数プロセスが立ち上がるため、1つづつkillして回るのではなく、
mysqladmin -u root -p shutdown
でシャットダウンができます。
パスワードを設定していない場合や、skip-grant-tablesオプションを起動している際は -p オプションは必要ありません。
mysqladmin -u root shutdown