Atomエディタを使っていると行末に余分な空行があったら自動で削除してくれる気の利かせた機能があるのですが、diffの差分などの都合で改行を削除したくない時など、たまに余計なお世話に感じるときもあります。
この設定は、「Atom」->「Preferences」-> 「Settings」を探しても見当たらず、どこにあるのかなーと思ったら
「Atom」->「Preferences」->「Packages」-> 「Whitespace」->「Settings」の中に
「Ensure Single Trailing Newline」というのがあって、これをOFFにすると無効化できます。
エディタの基本機能っぽいものもパッケージ化されてて、なるほどなーというかんじですが、ちょっと分かりづらいです。
(2016/11/12追記)
「行末」という単語が不正確でした。上記ではいわゆる「ファイル末尾の余分な空行」を「行末の空行」という表現をしていました。
「Ensure Single Trailing Newline」はファイル末尾の空行を常に1行に調整する設定で、これをOFFにするとファイル末尾の空行の数の自動調整が無効化されます。
一方「行末＝1行の末尾」の空白を自動削除する設定は、@kd9951さんにコメントで指摘いただいた「Remove Traling Whitespace」をOFFにすれば無効化できます。