PHPStorm で node_modules が表示されなくなったので 困っていました。
phpstorm node_modules excluded や ｐｈｐstorm node_modules not showing など、
同様の問題で困っている人も多くいて、ググってみたものの、 2016.02 バージョンでのバグの話だったり、
逆に消したい系の話だったりでよく原因がわからない…
よくよく調べてみるとどうやらPhpStormのVue.js向けプラグインのバグだったようです。
最近、PhpStorm 入れ直したためそこが原因かなぁ…と思いつつ、前使っていたときはそんなことなかったのになぁ…と思ってもう少し調べてみると、どうやらVue.js 向けのプラグインが複数あるよう。
node_modules が見えなくなる周りのバグを含んでいるのが vue-for-idea の方で、Vue.js の方は問題なく動作するようです。
IDEA派のVue.js使いの人はお気をつけください。