ここでは、Windowsで動くFrontISTRの構築方法を紹介します。
注意
この文章は公式のものではありません。また、内容の正確性について保証するものではありません。また、筆者は一切の責任を負いません。AS ISでご覧ください。
詳しいインストール方法は、FrontISTRのインストールガイドおよびマニュアルをご覧ください。
を参照してください。
Windowsの場合、開発環境を整えるところから始める必要があります。また、FrontISTRを構築するのに必要な各種ライブラリがバイナリで提供されていない事が多いため、これらライブラリもソースから構築する必要があります。
比較的面倒なため、FrontISTRを直ぐに使いたい方は FrontISTR研究会 から提供されている バイナリ版 または REVOCAP_PrePost をダウンロードしてください。
REVOCAP_PrePost は、FrontISTR等で使えるプリポスト用のソフトウェアでFrontISTRが同梱されています。
Git for windows SDK を用いたMSYS2のインストール
windows用の開発環境として、Git for windows SDKのMinGW-w64を用います。
https://github.com/git-for-windows/build-extra/releases
から git-sdk-installer-1.0.6-64.7z.exe をダウンロードして、インストールしてください。
インストールの最後に
Generating catalog po/ru.msg
msgfmt --statistics --tcl po/ru.po -l ru -d po/
307 ﾂﾌ|bZ[W.
make[1]: *** [Makefile:76: po/ru.msg] エラー 1
make: *** [Makefile:1656: all] エラー 2
続行するには何かキーを押してください . . .
というエラーが出ますが、これは無視して構いません。
インストールが終了すると、デスクトップに「Git SDK 64-bit」というアイコンが現れます。
以前は、MSYS2を直接インストールする方法を書いていましたが、Git for windows SDKを使った方が簡単に環境整備が出来ることが分かりました。
次に、コンパイルに必要なパッケージをインストールします。
(MINGW64) pacman -S mingw-w64-x86_64-cmake mingw-w64-x86_64-qt5 mingw-w64-x86_64-perl
※https://msys2.github.io/ からダウンロードしたMSYS2で環境を整備するには
$ pacman -S base-devel mingw-w64-x86_64-toolchain mingw-w64-x86_64-cmake mingw-w64-x86_64-extra-cmake-modules mingw-w64-x86-qt5 mingw-w64-x86_64-perl
を実行して必要なパッケージをインストールしてください。
cmake-guiを使う場合、mingw-w64-x86_64-qt5パッケージもインストールしてください。
Tips :
mingw-w64-x86_64-qt5のインストールは必ずしも必要ありませんが、cmakeでライブラリが見つからないなどのトラブルがあるとき、cmake-guiが役立ちます。
これでコンパイラなどがインストールされますので、念のため確認をして下さい。
(MINGW64) gcc -v
(MINGW64) gfortran -v
(MINGW64) cmake --version
作業に先立ち、ディレクトリを作成してください。 作業ディレクトリは$HOME/workとし、ライブラリは$HOME/local以下にインストールします。
(MINGW64) mkdir $HOME/work
(MINGW64) mkdir -p $HOME/local/lib
(MINGW64) mkdir $HOME/local/include
Microsoft MPIのインストール
MPIにはMicrosoft MPIを使います。
から、SDKのmsmpisdk.msiとランタイムのMSMpiSetup.exeをダウンロードしインストールをしてください。
Microsoft MPIをリンクするための準備
Microsoft MPIをMinGW-w64のgccやgfortranでリンクするための作業をします。
「Git SDK 64-bit」を起動してください。
(MINGW64) cd $HOME/local/lib/
(MINGW64) gendef /c/Windows/System32/msmpi.dll
(MINGW64) dlltool -d msmpi.def -l libmsmpi.a -D /c/Windows/System32/msmpi.dll
(MINGW64) ls
libmsmpi.a msmpi.def
MinGW-w64環境でリンクできるMicrosoft MPIのライブラリが作成されました。
次にヘッダファイルをコピーします。
(MINGW64) cd $HOME/local/include
(MINGW64) cp /c/Program\ Files\ \(x86\)/Microsoft\ SDKs/MPI/Include/*.h .
(MINGW64) cp /c/Program\ Files\ \(x86\)/Microsoft\ SDKs/MPI/Include/x64/*.h .
(MINGW64) ls
mpi.h mpif.h mpifptr.h mpio.h mspms.h pmidbg.h
mpi.hに変更を加えます。
(MINGW64) vi mpi.h
#ifndef MPI_INCLUDED
#define MPI_INCLUDED
のすぐ下に
#include <stdint.h>
を追加する。
更にmpif.hに変更を加えます。
(MINGW64) vi mpif.h
409行目
PARAMETER (MPI_ADDRESS_KIND=INT_PTR_KIND())
を
PARAMETER (MPI_ADDRESS_KIND=8)
へ変更する。
以上でMicrosoft MPIをMinGW-w64でリンクする準備が出来ました。
ライブラリの構築
FrontISTRで有効にする機能は
- hecmw_part1領域分割ツールなどのツール群生成
- REVOCAP_Refiner (メッシュの細分化機能)
- MPI (PCクラスタ等の並列実行環境）
- OpenMP (マルチコアCPUを利用)
- METIS (メッシュの領域分割のために必要)
- MUMPS (直接法ソルバー)
- LAPACK （CG法やGMRES法を用いた前処理適用後の条件数推定機能を利用）
- Trilinos-ML （代数マルチグリッド法に基づく前処理）
です。
ダウンロード
FrontISTRと必要なライブラリをダウンロードしてください。
| ライブラリ名 | ダウンロード先 | 備考 |
|---|---|---|
| FrontISTR_V46.tar.gz | http://www.multi.k.u-tokyo.ac.jp/FrontISTR | 要ユーザ登録 |
| REVOCAP_Refiner-1.1.04 | http://www.multi.k.u-tokyo.ac.jp/FrontISTR | 要ユーザ登録 |
| OpenBLAS-0.2.20 | http://www.openblas.net | ソースをダウンロード |
| metis-5.1.0 | http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/metis/download | scotch-metisも利用可 |
| scalapack-2.0.2 | http://www.netlib.org/scalapack/ | MUMPSで利用 |
| MUMPS_5.1.2 | http://mumps.enseeiht.fr/ | 要ユーザ登録 |
| trilinos-12.12.1 | https://trilinos.org/download/ | 要ユーザ登録 |
ダウンロードしたファイルは$HOME/workに置いてください。
「Git SDK 64-bit」上で構築していきます。
OpenBLASの構築
OpenBLASは、高速なLAPACK/BLASのフリーの実装です。OpenMPを有効にしたライブラリを構築します。
(MINGW64) cd $HOME/work
(MINGW64) tar xvf OpenBLAS-0.2.20.tar.gz
(MINGW64) cd OpenBLAS-0.2.20
次にMakefile.ruleを編集しOpenMPを有効にします。
(MINGW64) vi Makefile.rule
DYNAMIC_ARCH=1
CC=gcc
FC=gfortran
BINARY=64
USE_OPENMP=1
をコメントアウト
Makefile.ruleの編集がすんだらコンパイルし、インストールします。
(MINGW64) make -j4
(MINGW64) make PREFIX=$HOME/local install
make installをすると、
cp: cannot stat 'libopenblas.dll': No such file or directory
make[1]: [Makefile.install:52: install] Error 1 (ignored)
cp: cannot stat 'libopenblas.dll.a': No such file or directory
make[1]: [Makefile.install:53: install] Error 1 (ignored)
というエラーが表示されますが、今回はDLLを作成していないので無視してください。
OpenBLASにはLAPACKも含まれます。リンクするには -llapackの代わりに-lopenblasを指定してください。
METISの構築
グラフパーティショナのライブラリです。この他、Scotchに同梱されるmetis互換層も利用できます。
OpenMPを有効にしたライブラリを構築します。
(MINGW64) tar xvf metis-5.1.0.tar.gz
(MINGW64) cd metis-5.1.0
ファイルの修正
コンパイルをする前に
- CMakeLists.txt
- GKlib/gk_arch.h
- GKlib/gk_getopt.h
をMinGW-w64用の修正をします。
CMakeLists.txt
(MINGW64) vi CMakeLists.txt
set(GKLIB_PATH "GKlib" CACHE PATH "path to GKlib")
と書かれている部分を
set(GKLIB_PATH "${CMAKE_SOURCE_DIR}/GKlib" CACHE PATH "path to GKlib")
に修正
GKlib/gk_arch.h
(MINGW64) vi GKlib/gk_arch.h
#include <sys/resource.h>
を削除
GKlib/gk_getopt.h
/* Function prototypes */
extern int gk_getopt(int __argc, char **__argv, char *__shortopts);
extern int gk_getopt_long(int __argc, char **__argv, char *__shortopts,
struct gk_option *__longopts, int *__longind);
extern int gk_getopt_long_only (int __argc, char **__argv,
char *__shortopts, struct gk_option *__longopts, int *__longind);
を削除
コンパイル
ファイルを修正したらcmakeを実行してライブラリを構築します。
(MINGW64) cd build
(MINGW64) cmake -G "MSYS Makefiles" -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/local \
-DCMAKE_BUILD_TYPE="Release" -DOPENMP=ON ..
(MINGW64) make
(MINGW64) make install
Scalapackの構築
scalapackは、この後説明をするMUMPSの構築に必要となります。
(MINGW64) cd $HOME/work
(MINGW64) tar xvf scalapack-2.0.2.tgz
(MINGW64) cd scalapack-2.0.2
サンプルのSLmake.inc.exampleをSLmake.incとしてコピーして書き換えます。
(MINGW64) cp SLmake.inc.example SLmake.inc
(MINGW64) vi SLmake.inc
#
# The fortran and C compilers, loaders, and their flags
#
FC = gfortran -fno-range-check
CC = gcc
NOOPT = -O0
FCFLAGS = -O3 -I$(HOME)/local/include
CCFLAGS = -O3 -I$(HOME)/local/include
FCLOADER = $(FC)
CCLOADER = $(CC)
FCLOADFLAGS = $(FCFLAGS) -L$(HOME)/local/lib -lmsmpi
CCLOADFLAGS = $(CCFLAGS) -L$(HOME)/local/lib -lmsmpi
#
# BLAS, LAPACK (and possibly other) libraries needed for linking test programs
#
BLASLIB = -L$(HOME)/local/lib -lopenblas
LAPACKLIB = -L$(HOME)/local/lib -lopenblas
LIBS = $(LAPACKLIB) $(BLASLIB)
書き換えが済んだらライブラリを構築します。
(MINGW64) make
makeをするとエラーが出ますが、BLACS/TESTINGのエラーなので無視します。
(MINGW64) cp libscalapack.a $HOME/local/lib
MUMPSの構築
MUMPSは直接法のソルバです。
(MINGW64) cd $HOME/work
(MINGW64) tar xvf MUMPS_5.1.2.tar.gz
(MINGW64) cd MUMPS_5.1.2
Make.incディレクトリにある、Makefile.inc.genericを元にMakefile.incを環境に合わせた内容へ書き換えます。
(MINGW64) cp Make.inc/Makefile.inc.generic Makefile.inc
(MINGW64) vi Makefile.inc
LMETISDIR = $(HOME)/local
IMETIS = -I$(LMETISDIR)/include
LMETIS = -L$(LMETISDIR)/lib -lmetis
ORDERINGSF = -Dmetis -Dpord
CC = gcc -fopenmp
FC = gfortran -fopenmp -fno-range-check
FL = gfortran -fopenmp
LAPACK = -L$(HOME)/local/lib -lopenblas
SCALAP = -L$(HOME)/local/lib -lscalapack
INCPAR = -I$(HOME)/local/include
LIBPAR = $(SCALAP) -L$(HOME)/local/lib -lmsmpi
LIBBLAS = -L$(HOME)/local/lib -lopenblas
LIBOTHERS = -lpthread -fopenmp
OPTF = -O
OPTC = -O -I.
OPTL = -O
ファイルの修正が済んだらライブラリを構築します。
(MINGW64) make
ファイルをコピーします。
(MINGW64) cp lib/*.a $HOME/local/lib
(MINGW64) cp lib/*.h $HOME/local/include
Trilinos MLの構築
Trilinosには多くのライブラリ含まれていますが、FrontISTRに必要なのはMLとzoltanだけです。
(MINGW64) cd $HOME/work
(MINGW64) tar xvf trilinos-12.12.1-Source.tar.gz
(MINGW64) cd trilinos-12.12.1-Source
(MINGW64) mkdir build
(MINGW64) cd build
(MINGW64) cmake \
-G "MSYS Makefiles" \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/local \
-DCMAKE_C_FLAGS="-DNO_TIMES" \
-DCMAKE_CXX_FLAGS="-DNO_TIMES" \
-DTrilinos_ENABLE_ML=ON \
-DTrilinos_ENABLE_Zoltan=ON \
-DTrilinos_ENABLE_OpenMP=ON \
-DTrilinos_ENABLE_ALL_OPTIONAL_PACKAGES=OFF \
-DTPL_BLAS_LIBRARIES=$HOME/local/lib/libopenblas.a \
-DTPL_LAPACK_LIBRARIES=$HOME/local/lib/libopenblas.a \
-DTPL_ENABLE_MPI=ON \
-DML_ENABLE_MPI=ON \
-DMPI_CXX_COMPILER=g++ \
-DMPI_CXX_INCLUDE_PATH=$HOME/local/include \
-DMPI_CXX_LIBRARIES=$HOME/local/lib/libmsmpi.a \
-DMPI_C_COMPILER=gcc \
-DMPI_C_INCLUDE_PATH=$HOME/local/include \
-DMPI_C_LIBRARIES=$HOME/local/lib/libmsmpi.a \
..
(MINGW64) make
(MINGW64) make install
REVOCAP_Refinerの構築
REVOCAP_Refinerをコンパイルします。
(MINGW64) cd $HOME/work
(MINGW64) tar xvf REVOCAP_Refiner-1.1.04.tar.gz
(MINGW64) cd REVOCAP_Refiner-1.1.04
(MINGW64) make
FrontISTRの構築
必要なライブラリの導入が済んだらFrontISTRを構築します。
(MINGW64) cd $HOME/work
(MINGW64) tar xvf FrontISTR_V46.tar.gz
(MINGW64) cd FrontISTR_4.6
サンプルのMakefile.conf.orgをMakefile.confとしてコピーして書き換えます。
(MINGW64) cp Makefile.conf.org Makefile.conf
(MINGW64) vi Makefile.conf
以下の内容でMakefile.confを編集してください。
(MINGW64) vi Makefile.conf
##################################################
# #
# Setup Configulation File for FrontISTR #
# #
##################################################
# MPI
MPIDIR = $(HOME)/local
MPIBINDIR = "/c/Program\ Files/Microsoft\ MPI/Bin/"
MPILIBDIR = $(MPIDIR)/lib
MPIINCDIR = $(MPIDIR)/include
MPILIBS = -lmsmpi
# for install option only
PREFIX = $(HOME)/FrontISTR
BINDIR = $(PREFIX)/bin
LIBDIR = $(PREFIX)/lib
INCLUDEDIR = $(PREFIX)/include
# Metis
METISDIR = $(HOME)/local
METISLIBDIR = $(METISDIR)/lib
METISINCDIR = $(METISDIR)/include
HECMW_METIS_VER= 5
# ParMetis
PARMETISDIR = $(HOME)/ParMetis-3.1
PARMETISLIBDIR = $(PARMETISDIR)
PARMETISINCDIR = $(PARMETISDIR)/ParMETISLib
# Refiner
REFINERDIR = $(HOME)/work/REVOCAP_Refiner-1.1.04
REFINERINCDIR = $(REFINERDIR)/Refiner
REFINERLIBDIR = $(REFINERDIR)/lib/x86_64-linux
# Coupler
REVOCAPDIR = $(HOME)/REVOCAP_Coupler
REVOCAPINCDIR = $(REVOCAPDIR)/librcap
REVOCAPLIBDIR = $(REVOCAPDIR)/librcap
# MUMPS
MUMPSDIR = $(HOME)/local
MUMPSINCDIR = $(MUMPSDIR)/include
MUMPSLIBDIR = $(MUMPSDIR)/lib
MUMPSLIBS = -ldmumps -lmumps_common -lpord -L$(HOME)/local/lib -lscalapack
# MKL PARDISO
MKLDIR = $(HOME)/
MKLINCDIR = $(MKLDIR)/include
MKLLIBDIR = $(MKLDIR)/lib
# ML
MLDIR = $(HOME)/local
MLINCDIR = $(MLDIR)/include
MLLIBDIR = $(MLDIR)/lib
MLLIBS = -lml -lzoltan -lws2_32
# C compiler settings
CC = gcc -fopenmp
CFLAGS = -D_WINDOWS
LDFLAGS = -lstdc++ -lm
OPTFLAGS = -O3
# C++ compiler settings
CPP = g++ -fopenmp
CPPFLAGS = -D_WINDOWS
CPPLDFLAGS =
CPPOPTFLAGS = -O3
# Fortran compiler settings
F90 = gfortran -fopenmp -fno-range-check
F90FLAGS = -D_WINDOWS
F90LDFLAGS = -lstdc++ -L$(HOME)/local/lib -lopenblas
F90OPTFLAGS = -O2
F90FPP = -cpp
F90LINKER = gfortran -fopenmp
MAKE = make
AR = ar ruv
MV = mv -f
CP = cp -f
RM = rm -f
MKDIR = mkdir -p
- この手順で用いるMETISはVersion5.1.0です。
HECMW_METIS_VER = 5を指定してください。- gfortranのプリプロセッサ指定は
-cppです。F90FPP = -cppを指定してください。REFINERLIBDIRにx86_64-linuxと書かれていますが、間違いではありません?
さらにMakefile.amを編集し構築する必要のない部分を除外します。
(MINGW64) vi Makefile.am
PREFIX = @prefix@
BINDIR = @bindir@
LIBDIR = @libdir@
INCLUDEDIR = @includedir@
MAKE = @make@
AR = @ar@
CP = @cp@
RM = @rm@
MV = @mv@
RANLIB = @ranlib@
MKDIR = @mkdir@
all:
@cd hecmw1 && $(MAKE)
@cd fistr1 && $(MAKE)
# @cd hecmw2 && $(MAKE)
# @cd fistr2 && $(MAKE)
@cd fistr && $(MAKE)
clean:
@cd hecmw1 && $(MAKE) clean
@cd fistr1 && $(MAKE) clean
# @cd hecmw2 && $(MAKE) clean
# @cd fistr2 && $(MAKE) clean
@cd fistr && $(MAKE) clean
distclean:
@cd hecmw1 && $(MAKE) distclean
@cd fistr1 && $(MAKE) distclean
# @cd hecmw2 && $(MAKE) distclean
# @cd fistr2 && $(MAKE) distclean
@cd fistr && $(MAKE) distclean
- $(RM) ./bin/*
install:
if [ ! -d $(PREFIX) ]; then \
$(MKDIR) $(PREFIX); \
fi
if [ ! -d $(BINDIR) ]; then \
$(MKDIR) $(BINDIR); \
fi
@cd hecmw1 && $(MAKE) install
@cd fistr1 && $(MAKE) install
# @cd hecmw2 && $(MAKE) install
# @cd fistr2 && $(MAKE) install
@cd fistr && $(MAKE) install
hecmw2およびfistr2は構築しませんので、コメントアウトしてください。
編集が出来たらsetup.shを実行してください。
(MINGW64) ./setup.sh -p --with-tools --with-refiner --with-metis --with-mumps --with-lapack --with-ml
setup.shの実行が住んだらコンパイルしてバイナリを作成します。
(MINGW64) make
(MINGW64) make install
構築したバイナリをインストールをすると、$(HOME)/FrontISTR/bin以下に
(MINGW64) ls $HOME/FrontISTR/bin
fistr1.exe hecmw_part1.exe neu2fstr.exe rmerge.exe
hec2rcap.exe hecmw_vis1.exe rconv.exe
などのバイナリがコピーされます。
作成されたバイナリは、MSYS2やMinGWが無くても動作しますが、各種DLLをコピーしてPATHを通しておく必要があります。
必要なDLLは
libwinpthread-1.dll
libgfortran-3.dll
libgcc_s_seh-1.dll
libgomp-1.dll
libstdc++-6.dll
libquadmath-0.dll
とmsmpi.dllおよびmpiexec.exeになりますが、これらはインストーラでMSMpiSetup.exe
を実行した時点でPATHが通っています。