PythonとSensorTag, Kafka, Spark Streamingのストリーム処理 - Part 5: Apache Toree でJupyterからSparkに接続する

　Sparkクラスタを用意していくつかサンプルコードを書いていこうと思います。Pythonのデータ分析や機械学習の実行環境としてJupyterは多くの方が利用していると思います。Apache ToreeでSparkアプリも同じようにJupyterからインタラクティブに書くことが目的です。ブラウザから実行できるScalaのREPLしてもJupyterを使うことができます。

Spark

　SparkクラスタをDocker Composeで構築します。Docker HubとGitHubに多くのSpark Standalone Cluster用のイメージとdocker-compose.ymlが公開されています。

• semantive/spark
• produktion/jupyter-pyspark
• gettyimages/docker-spark

　いくつか試しましたがsemantive/sparkがシンプルで使いやすい印象です。

Docker Compose

　semantive/sparkイメージの使い方はDocker Images For Apache Sparkに書いてあります。Docker Hubはこちら、GitHubはこちらになります。

　リポジトリにあるdocker-compose.ymlからいくつか変更しました。主な変更点はSparkのバージョンを合わせるためイメージタグを明示的に指定する、SPARK_PUBLIC_DNSとSPARK_MASTER_HOST環境変数にクラウド上の仮想マシンのパブリックIPアドレスを指定することです。

docker-compose.yml

version: '2'
services:
  master:
    image: semantive/spark:spark-2.1.1-hadoop-2.7.3
    command: bin/spark-class org.apache.spark.deploy.master.Master -h master
    hostname: master
    environment:
      MASTER: spark://master:7077
      SPARK_CONF_DIR: /conf
      SPARK_PUBLIC_DNS: <仮想マシンのパブリックIPアドレス>
      SPARK_MASTER_HOST: <仮想マシンのパブリックIPアドレス>
    ports:
      - 4040:4040
      - 6066:6066
      - 7077:7077
      - 8080:8080
    volumes:
      - spark_data:/tmp/data

  worker1:
    image: semantive/spark:spark-2.1.1-hadoop-2.7.3
    command: bin/spark-class org.apache.spark.deploy.worker.Worker spark://master:7077
    hostname: worker1
    environment:
      SPARK_CONF_DIR: /conf
      SPARK_WORKER_CORES: 4
      SPARK_WORKER_MEMORY: 2g
      SPARK_WORKER_PORT: 8881
      SPARK_WORKER_WEBUI_PORT: 8081
      SPARK_PUBLIC_DNS: <仮想マシンのパブリックIPアドレス>
    depends_on:
      - master
    ports:
      - 8081:8081
    volumes:
      - spark_data:/tmp/data

  worker2:
    image: semantive/spark:spark-2.1.1-hadoop-2.7.3
    command: bin/spark-class org.apache.spark.deploy.worker.Worker spark://master:7077
    hostname: worker2
    environment:
      SPARK_CONF_DIR: /conf
      SPARK_WORKER_CORES: 4
      SPARK_WORKER_MEMORY: 2g
      SPARK_WORKER_PORT: 8882
      SPARK_WORKER_WEBUI_PORT: 8082
      SPARK_PUBLIC_DNS: <仮想マシンのパブリックIPアドレス>
    depends_on:
      - master
    ports:
      - 8082:8082
    volumes:
      - spark_data:/tmp/data

volumes:
  spark_data:
    driver: local

　Spark Standalone Clusterを起動します。

$ docker-compose up -d

　Spark Master UIを開いてクラスタの状態を確認します。

http://<仮想マシンのパブリックIPアドレス>:8080

　Masterコンテナのspark-shellを実行してScalaとSparkのバージョンを確認します。Sparkは開発のスピードがとても速く、Scalaのバージョンも含めてよく確認しないと思わぬエラーに遭遇してしまいます。

• Scala: 2.11.8
• Spark: 2.1.1

$ docker-compose exec master spark-shell
...
Welcome to
      ____              __
     / __/__  ___ _____/ /__
    _\ \/ _ \/ _ `/ __/  '_/
   /___/ .__/\_,_/_/ /_/\_\   version 2.1.1
      /_/

Using Scala version 2.11.8 (OpenJDK 64-Bit Server VM, Java 1.8.0_131)
Type in expressions to have them evaluated.
Type :help for more information.

scala>

Jupyter

　JupyterのDockerイメージは公式のjupyter/all-spark-notebookを使います。ScalaやSparkまで使える全部入りのイメージです。

Apache Toree

　Apache ToreeはSparkクラスタにJupyterから接続するためのツールです。PySparkに加え、Scala、SparkR、SQLのKernelが提供されます。

　Dockerfileを見るとApache Toreeもインストールされています。

# Apache Toree kernel
RUN pip --no-cache-dir install https://dist.apache.org/repos/dist/dev/incubator/toree/0.2.0/snapshots/dev1/toree-pip/toree-0.2.0.dev1.tar.gz
RUN jupyter toree install --sys-prefix

docker-compose.yml

　Spark Standalone Clusterのdocker-compose.ymlにJupyterサービスを追加します。

docker-compose.yml

  jupyter:
    image: jupyter/all-spark-notebook:c1b0cf6bf4d6
    depends_on:
      - master
    ports:
      - 8888:8888
    volumes:
      - ./notebooks:/home/jovyan/work
      - ./ivy2:/home/jovyan/.ivy2
    env_file:
      - ./.env
    environment:
      TINI_SUBREAPER: 'true'
      SPARK_OPTS: --master spark://master:7077 --deploy-mode client --packages com.amazonaws:aws-java-sdk:1.7.4,org.apache.hadoop:hadoop-aws:2.7.3
    command: start-notebook.sh --NotebookApp.password=sha1:xxx --NotebookApp.iopub_data_rate_limit=10000000

Jupyterサービスのオプションについて

　Spark Standalone ClusterではHadoopを利用していないため分散ファイルシステムにAmazon S3を利用する設定を追加しています。サンプルデータやParquetファイルの保存先にあると便利です。

image

　jupyter/all-spark-notebookイメージは更新が頻繁に入ります。Apache Toreeで使うSparkとSparkクラスタのバージョンがエラーになり起動しなくなります。今回はSparkクラスタのバージョンは2.1.1なので同じバージョンのイメージのtagを指定します。jupyter/all-spark-notebookイメージのタグはIDしかわからないのが不便です。

　Sparkのバージョンはすでに2.2.0へ上がっているため、2.1.1のタグを指定します。
　
　タグのDockerイメージをpullしてspark-shellで確認します。

$ docker pull jupyter/all-spark-notebook:c1b0cf6bf4d6
$ docker run -it --rm \
  jupyter/all-spark-notebook:c1b0cf6bf4d6 \
  /usr/local/spark-2.1.1-bin-hadoop2.7/bin/spark-shell

　SparkクラスタとSparkとScalaのバージョンが同じであることが確認できました。

Welcome to
      ____              __
     / __/__  ___ _____/ /__
    _\ \/ _ \/ _ `/ __/  '_/
   /___/ .__/\_,_/_/ /_/\_\   version 2.1.1
      /_/

Using Scala version 2.11.8 (OpenJDK 64-Bit Server VM, Java 1.8.0_131)
Type in expressions to have them evaluated.
Type :help for more information.

scala>

　Jupyterのバージョンも確認しておきます。

$ docker run -it --rm jupyter/all-spark-notebook:c1b0cf6bf4d6 jupyter --version
4.3.0

TINI_SUBREAPERとSPARK_OPTS

　Apache Toreeを利用してJupyterからリモートのSparkに接続するために必須な設定はこの2つです。TINI_SUBREAPER環境変数はinitにTiniを使います。

　Sparkで追加のJarファイルを使わない場合はSPARK_OPTS環境変数に以下の指定だけでリモートのSpark Standalone Clusterに接続できます。通常のspark-submitのオプションと同じです。

--master spark://master:7077 --deploy-mode client

　追加のJarファイルがある場合はさらに--packagesフラグを追加します。この場合はAmazon S3に接続するために必要なパッケージです。

--packages com.amazonaws:aws-java-sdk:1.7.4,org.apache.hadoop:hadoop-aws:2.7.3

--NotebookApp.iopub_data_rate_limit

　Bokehなど可視化ツールで大きな画像イメージを扱う場合はJupyterの起動スクリプトのオプションを指定します。

• IOPub data rate exceeded when viewing image in Jupyter notebook

--NotebookApp.password

　Jupyterの認証方法はデフォルトはtokenです。Dockerコンテナのように頻繁に起動と破棄を繰り返す場合に毎回異なるtokenを入れるのは面倒なのでパスワード認証に変更しました。ipythonを使いパスワードのハッシュ値を取得します。

$ docker run -it --rm jupyter/all-spark-notebook:c1b0cf6bf4d6 ipython
Python 3.6.1 | packaged by conda-forge | (default, May 23 2017, 14:16:20)
Type 'copyright', 'credits' or 'license' for more information
IPython 6.1.0 -- An enhanced Interactive Python. Type '?' for help.

　パスワードは以下のように生成します。出力されたハッシュ値をJupyterの起動オプションに指定します。

In [1]: from notebook.auth import passwd
In [2]: passwd()

Enter password:
Verify password:
Out[2]: 'sha1:xxx'

volumes

　/home/jovyanはJupyterコンテナを実行しているユーザーのホームディレクトリです。作成したnotebookやダウンロードしたJarファイルをDockerホストにマウントします。

env_file

　.envファイルに環境変数を記述してコンテナに渡します。Amazon S3への接続に使うaccess key と secret keyを指定します。

AWS_ACCESS_KEY_ID=xxx
AWS_SECRET_ACCESS_KEY=xxx

　Gitにcommitしないように忘れずに.gitignoreにも追加します。

.env

JupyterからSparkとAmazon S3を使う

　JupyterでSparkとAmazon S3を使うサンプルをScalaとPythonで書いてみようと思います。Monitoring Real-Time Uber Data Using Apache APIs, Part 1: Spark Machine Learningの記事で利用しているUberのピックアップデータをサンプルに使います。ここでは単純にCSVファイルをS3から読み込んで表示するだけです。

　docker-compose.ymlに定義した全てのサービスを起動します。

$ docker-compose up -d

　Jupyterをブラウザで開きさきほど作成したパスワードでログインします。

http://<仮想マシンのパブリックIPアドレス>:8888

データ準備

　リポジトリをcloneしたあとuber.csvファイルをs3cmdから適当なバケットにputします。

$ git clone https://github.com/caroljmcdonald/spark-ml-kmeans-uber
$ cd spark-ml-kmeans-uber/data
$ s3cmd put uber.csv s3://<バケット名>/uber-csv/

Scala

　以下のようなコードを確認したいところでセルに分割してインタラクティブに実行することができます。ScalaのNotebookを書く場合は右上のNewボタンからApache Toree - Scalaを選択します。

import org.apache.spark.sql.SparkSession

val spark = SparkSession.
    builder.
    getOrCreate()

sc.hadoopConfiguration.set("fs.s3a.impl", "org.apache.hadoop.fs.s3a.S3AFileSystem")
sc.hadoopConfiguration.set("fs.s3a.fast.upload", "true")

import org.apache.spark.sql.types._
import org.apache.spark.sql.functions._

val schema = StructType(
    StructField("dt", TimestampType, true) ::
    StructField("lat", DoubleType, true) ::
    StructField("lon", DoubleType, true) ::
    StructField("base", StringType, true) :: Nil
)

val df = 
    spark.read.
    option("header", false).
    schema(schema).
    csv("s3a://<バケット名>/uber-csv/uber.csv")

df.printSchema

df.cache
df.show(false)

　Scalaの場合スキーマのStructTypeは次のようにも書くことができます。

val schema = (new StructType).
    add("dt", "timestamp", true).
    add("lat", "double", true).
    add("lon", "double", true).
    add("base", "string", true)

　最後のdf.show(false)の出力結果です。

+---------------------+-------+--------+------+
|dt                   |lat    |lon     |base  |
+---------------------+-------+--------+------+
|2014-08-01 00:00:00.0|40.729 |-73.9422|B02598|
|2014-08-01 00:00:00.0|40.7476|-73.9871|B02598|
|2014-08-01 00:00:00.0|40.7424|-74.0044|B02598|
|2014-08-01 00:00:00.0|40.751 |-73.9869|B02598|
|2014-08-01 00:00:00.0|40.7406|-73.9902|B02598|
|2014-08-01 00:00:00.0|40.6994|-73.9591|B02617|
|2014-08-01 00:00:00.0|40.6917|-73.9398|B02617|
|2014-08-01 00:00:00.0|40.7063|-73.9223|B02617|
|2014-08-01 00:00:00.0|40.6759|-74.0168|B02617|
|2014-08-01 00:00:00.0|40.7617|-73.9847|B02617|
|2014-08-01 00:00:00.0|40.6969|-73.9064|B02617|
|2014-08-01 00:00:00.0|40.7623|-73.9751|B02617|
|2014-08-01 00:00:00.0|40.6982|-73.9669|B02617|
|2014-08-01 00:00:00.0|40.7553|-73.9253|B02617|
|2014-08-01 00:00:00.0|40.7325|-73.9876|B02682|
|2014-08-01 00:00:00.0|40.6754|-74.017 |B02682|
|2014-08-01 00:00:00.0|40.7303|-74.0029|B02682|
|2014-08-01 00:00:00.0|40.7218|-73.9973|B02682|
|2014-08-01 00:00:00.0|40.7134|-74.0091|B02682|
|2014-08-01 00:00:00.0|40.7194|-73.9964|B02682|
+---------------------+-------+--------+------+
only showing top 20 rows

Python

　Python 3のNotebookを書く場合は右上のNewボタンからPython 3を選択します。以下のコードを適当なところでセルに分割して実行していきます。Scalaと異なるのは追加JarはPYSPARK_SUBMIT_ARGS環境変数に指定する点です。

　以下のようにPythonでもほぼScalaと同じようにでSparkアプリを書くことができます。

import os
os.environ['PYSPARK_SUBMIT_ARGS'] = '--packages com.amazonaws:aws-java-sdk:1.7.4,org.apache.hadoop:hadoop-aws:2.7.3 pyspark-shell'

from pyspark.sql import SparkSession

spark = (
    SparkSession.builder
        .getOrCreate()
)

sc = spark.sparkContext

sc._jsc.hadoopConfiguration().set("fs.s3a.impl", "org.apache.hadoop.fs.s3a.S3AFileSystem")
sc._jsc.hadoopConfiguration().set("fs.s3a.fast.upload", "true")

from pyspark.sql.types import *
from pyspark.sql.functions import *

schema = StructType([
    StructField("dt", TimestampType(), True),
    StructField("lat", DoubleType(), True),
    StructField("lon", DoubleType(), True),
    StructField("base", StringType(), True)
])

df = (
    spark.read
    .option("header", False)
    .schema(schema)
    .csv("s3a://<バケット名>/uber-csv/uber.csv")
)

df.printSchema()

df.cache()
df.show(truncate=False)

　最後のdf.show(truncate=False)の出力結果は先ほどのScalaのコードと同じです。

+---------------------+-------+--------+------+
|dt                   |lat    |lon     |base  |
+---------------------+-------+--------+------+
|2014-08-01 00:00:00.0|40.729 |-73.9422|B02598|
|2014-08-01 00:00:00.0|40.7476|-73.9871|B02598|
|2014-08-01 00:00:00.0|40.7424|-74.0044|B02598|
|2014-08-01 00:00:00.0|40.751 |-73.9869|B02598|
|2014-08-01 00:00:00.0|40.7406|-73.9902|B02598|
|2014-08-01 00:00:00.0|40.6994|-73.9591|B02617|
|2014-08-01 00:00:00.0|40.6917|-73.9398|B02617|
|2014-08-01 00:00:00.0|40.7063|-73.9223|B02617|
|2014-08-01 00:00:00.0|40.6759|-74.0168|B02617|
|2014-08-01 00:00:00.0|40.7617|-73.9847|B02617|
|2014-08-01 00:00:00.0|40.6969|-73.9064|B02617|
|2014-08-01 00:00:00.0|40.7623|-73.9751|B02617|
|2014-08-01 00:00:00.0|40.6982|-73.9669|B02617|
|2014-08-01 00:00:00.0|40.7553|-73.9253|B02617|
|2014-08-01 00:00:00.0|40.7325|-73.9876|B02682|
|2014-08-01 00:00:00.0|40.6754|-74.017 |B02682|
|2014-08-01 00:00:00.0|40.7303|-74.0029|B02682|
|2014-08-01 00:00:00.0|40.7218|-73.9973|B02682|
|2014-08-01 00:00:00.0|40.7134|-74.0091|B02682|
|2014-08-01 00:00:00.0|40.7194|-73.9964|B02682|
+---------------------+-------+--------+------+
only showing top 20 rows