Xcode 6.2になって、どうやらXcodeのUUIDが変更されたようです。
現時点(3/10)で既にプラグイン側で対応済みのものもあるため、プラグインをアップデートすれば解決するものもありますが、私の場合はほとんど未対応のものばかりでした。。。
対応してなければ自分で修正してしまえということで、調べたところ、以下の方法で解決することがわかりました。
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~/Library/Application Support/Developer/Shared/Xcode/Plug-ins/plugin.xcplugin/に移動。(Xcodeにインストール済みのプラグイン一覧のパッケージがある) - 修正するパッケージを
パッケージの内容を表示で開いてContents/Info.plistを開く。 - Info.plistの中の
DVTPlugInCompatibilityUUIDというArray型のキーの要素に以下のUUIDを追加して保存。
A16FF353-8441-459E-A50C-B071F53F51B7 - Xcodeを再起動。
修正自体は楽ですが、プラグインを大量に入れている方は(私もそうですが)辛いですね。。
2015/3/11 追記
以下の記事の方法だと一括で変更できるようです。(jollyjoesterさん情報提供ありがとうございます！)