GalaxyProject の Galaxy の Docker stable の開発環境を整える

概要

GalaxyProject の Galaxy の Docker stable の開発環境を整える
* bgruening/docker-galaxy-stable: Docker Images tracking the stable Galaxy releases.
* hub.docker.com: galaxy-stable

結論

いまのところ以下の方法で整えられそう。

サブモジュールを取得するまで

git clone https://github.com/bgruening/docker-galaxy-stable.git
cd docker-galaxy-stable/
git fetch
# git checkout -b dev origin/dev
git submodule init
git submodule update

追記 2016-11-30
最近最先端がdevではないようなので、ブランチの変更をしないようにした。

docker build してみる。

cd galaxy
docker build --no-cache -t manabu/docker-galaxy-stable:20160803 .

特定のブランチ、PRなどをテストしたい時

Dockerfileの88行目(2016-11-17現在の行数)

wget -q -O - $GALAXY_REPO/archive/$GALAXY_RELEASE.tar.gz | tar xzf - --strip-components=1 -C $GALAXY_ROOT && \

ここの、wgetのアドレスを変更する

特定のロールを最先端にしたい

それぞれのroles以下は、最初にとってきたとき、docker-galaxy-stableに
コミットされているバージョンまでしか取得してくれない。
修正を取り込みたいとき、たとえば、masterに修正があるときは、
更新したいroles以下のsubmodule(subproject?)に移動して、以下のコマンド

git checkout master

サブモジュールのレポジトリ

開発版(dev)

• bgruening/docker-galaxy-stable at dev

更新頻度の高いレポジトリ

• galaxyproject/ansible-galaxy-extras: Ansible roles to configure assorted compontents for an Ubuntu VM or container configured with https://github.com/galaxyproject/ansible-galaxy with production services including nginx, uwsgi, supervisor, protftp, and slurm.

更新頻度がそれほどでもないレポジトリ

• galaxyproject/ansible-postgresql: An Ansible role for managing a PostgreSQL (http://www.postgresql.org/) server
• afgane/galaxy-tools-playbook: A ready-to-use Ansible playbook for the Galaxy Tools role

参考

submodule 関連の操作は以下の場所を参考にした。

git submoduleしてるリポジトリをリモートの最新に更新する - Qiita