追記: エラー・メッセージにありますが、 xcode-select --install をまずして下さい。

Rails - How to `bundle' install or update with capybara include nokogiri - Qiita を書いてから、そろそろ１年が過ぎんとしています。
OSX は 10.11 に。Xcode は 7.1 となりました。
ゆえあって gem を全削除し、rails を再インストールしたのですが nokogiri でコケる……。

% gem install nokogiri
Fetching: nokogiri-1.6.6.2.gem (100%)
Building native extensions.  This could take a while...
ERROR:  Error installing nokogiri:
    ERROR: Failed to build gem native extension.

    /Users/maangie/.rvm/rubies/ruby-2.2.1/bin/ruby -r ./siteconf20151028-14204-174wj7o.rb extconf.rb
checking if the C compiler accepts ... yes
checking if the C compiler accepts -Wno-error=unused-command-line-argument-hard-error-in-future... no
Building nokogiri using packaged libraries.
-----
The file "/usr/include/iconv.h" is missing in your build environment,
which means you haven't installed Xcode Command Line Tools properly.

To install Command Line Tools, try running `xcode-select --install` on
terminal and follow the instructions.  If it fails, open Xcode.app,
select from the menu "Xcode" - "Open Developer Tool" - "More Developer
Tools" to open the developer site, download the installer for your OS
version and run it.
-----
*** extconf.rb failed ***
Could not create Makefile due to some reason, probably lack of necessary
libraries and/or headers.  Check the mkmf.log file for more details.  You may
need configuration options.

Provided configuration options:
    --with-opt-dir
    --without-opt-dir
    --with-opt-include
    --without-opt-include=${opt-dir}/include
    --with-opt-lib
    --without-opt-lib=${opt-dir}/lib
    --with-make-prog
    --without-make-prog
    --srcdir=.
    --curdir
    --ruby=/Users/maangie/.rvm/rubies/ruby-2.2.1/bin/$(RUBY_BASE_NAME)
    --help
    --clean
    --use-system-libraries
    --enable-static
    --disable-static
    --with-zlib-dir
    --without-zlib-dir
    --with-zlib-include
    --without-zlib-include=${zlib-dir}/include
    --with-zlib-lib
    --without-zlib-lib=${zlib-dir}/lib
    --enable-cross-build
    --disable-cross-build

extconf failed, exit code 1

Gem files will remain installed in /Users/maangie/.rvm/gems/ruby-2.2.1/gems/nokogiri-1.6.6.2 for inspection.
Results logged to /Users/maangie/.rvm/gems/ruby-2.2.1/extensions/x86_64-darwin-14/2.2.0-static/nokogiri-1.6.6.2/gem_make.out

オッケー、 NOKOGIRI_USE_SYSTEM_LIBRARIES=1 gem install nokogiri さっ。
……でもコケるorz

色々調べて、以下のコマンドでインストールできました。

注: 以下のコマンドは find と fgrep でチートをしています。現在 (2017-02-01) では通じないようです。コメント欄の @jnchito 様のご意見を参照してください。

% XML2_INCLUDE=`find /Applications/Xcode.app -name libxml2 | fgrep '/MacOSX10'`
% gem install nokogiri -- --use-system-libraries \
    --with-xml2-include=$XML2_INCLUDE

HomeBrew の libxml2 はあってもなくても同じなので、削除しちゃいました。

% brew remove libxml2

参考にさせて頂いた記事:

追記

xcrun --show-sdk-path を使えば、もっとエレガントになるような気がします。
c.f. MacOSとHomebrewとpyenvで快適python環境を。 - Qiita

How to install "nokogiri".

追記