Sketch 43よりファイルフォーマットが変わり、ドキュメント情報やレイヤー構成などを記述したJSONファイルやビットマップファイルを内包するZIPアーカイブ形式になりました。ファイルの拡張子を.zipに変更し展開すれば、内包するファイルを直接取り出すことができます。
Sketchファイルを展開した状態は次の通りです。
しかし、展開して生成されたフォルダをZIP化して拡張子を.sketchに変更した場合、Sketchで開くことができなくなってしまいます。43へのアップデートの目玉のはずですが、可逆性がないのでしょうか？
実はフォルダを圧縮するのではなく、展開されたフォルダ内にあるファイルやフォルダをそのままZIP化する必要があります（先に提示した関連リンクを読み進めると、実は書かれています）。
これで心置きなくGitで管理ができるようになりますね。