http://qiita.com/laiso/items/f7509a953b08f7cb8469 から
今は以下のようにできるので楽です。
Podfile
pod 'PonyDebugger', :podspec => 'config/pods/PonyDebugger.podspec'
pod 'libPusher', :path => '~/path/libPusher'
開発中自作モジュール、Specsリポジトリにないもの。デバッグなどに使います。
またlintがかなり精密に検査してくれるようになりました。git submoduleの依存ソースを実際に取得してテンポラリなプロジェクト作ってxcodebuildでビルドできるかどうかまで検査してくれる。
pod spec lint --verbose *.podspec