既存の東京リージョンのEB環境をALIAS RECORD対応にする

• AWS Elastic Beanstalk Adds Support for Amazon Route 53 Aliasing

とのことで、CloudFrontやS3に続き、Elastic BeanstalkもRoute 53のAlias record対応になったみたいです。また、東京リージョン（ap-northeast-1）でも使用できるみたいです。

既存のElasticBeanstalkを対応させる

恐らくですが、環境のクローンを作成するのが一番楽かと思います。
環境のクローンを作成すると、ElasticBeanstalkのurlが

• before: xxx.elasticbeanstalk.com
• after: xxx.ap-northeast-1.elasticbeanstalk.com

というふうになると思います。

afterの形式であれば、Route53の設定で、

• type: Aを選択
• Alias: yesを選択

すると、Alias TargetにElastic Beanstalkのurlが候補として挙がり、その中に出てくるのでそれを設定すれば良いです。