解決方法
wav素材のエンコーディングタイプをADX以外に変更してください。
HCA、HCA-MXにすれば解決します。
ポイント
デフォルトのエンコーディングタイプがADXなので陥りやすい罠だと思います。
容量的にも音質的にもHCAの方がメリットが大きいので
LEの次回更新時にデフォルトがHCAになるように祈りましょう。
有償版のADX2では上記問題は解決しているため、ADXでも綺麗なループになります。
しかしADXを選ぶメリットが少ないので（ちょっとだけ再生負荷が軽いくらい）、ほとんどの場合HCAで良いと思います。
ADX2についてはこちら → 勝手にADX2情報まとめ