VMにあってコンテナにないもの。色々あるでしょうが、一つはコンテナの停止/再開による状態保存でしょう。VMだと気軽にマシンをストップして途中の状態から再開とかできるんですが、コンテナだとできません。
色々調べている内に、CRIUというプロジェクトがあることを知りました。CRIUはいわゆるCheckpoint/Restartツールで実行中のプロセスの状態をファイルに保存して、後で再開することができます。
コンテナはあくまでひとつのプロセスなので、これを使えばDockerコンテナの停止/再開ができそうです。
試してみた結果を自分のブログに載せています。
結論をいうと、2014/06の時点で最新のCRIUではDockerコンテナの停止/再開はできないことがわかりました。理由はCRIUがcgroupsをサポートしていないからです。cgroupが導入される以前のコンテナならできるみたいですが、Dockerはcgroupを使っているのでできないのです。
ただ、 CRIU なかなかおもしろいやつです。もっと開発が進めば、状態保存の先にあるコンテナのLive Migrationとかも可能になりそうです。そうゆう可能性のわりには陰の薄いプロジェクトなので、興味がある方はぜひ試してみてください。