Atomエディタで、拡張子 .php でもHTMLが混ざっている場合、シンタックスハイライトがHTMLになってしまってPHP部分がハイライトされない場合があるので、それを解消。
file-types プラグインを入れる
まず 「file-types」プラグイン が必要。
config.cson を編集
設定画面から Open Config Folder を開き、config.cson を編集する。
末尾に以下の2行を追記。
config.cson
...
"file-types":
php: "text.html.php"
これで拡張子「.php」のファイルはPHPとして扱われると思う。
（公式対応してほしい・・・）