とりあえず自分用として、非公式なCocoaPods化したライブラリにて、Other Swift Flagsの設定（-D DEBUG）が必要だったのですが、.xcworkspace形式の場合には設定方法が異なるということにハマったのでメモ。
通常の.xcodeprojにおいては、下記参考ページのように、Build Settings の Other Swift Flags にカスタムフラグを設定します。
ですが、CocoaPodsインストール後 .xcworkspace形式になった場合は、上記の方法ではカスタムフラグが有効になりませんでした。
どうやら今回のケースでは、設定する場所が違うようです。
Pods > TARGETS > Pods-ライブラリ名 > Swift Compiler - Custom Flags > Other Swift Flagsが設定場所になります。
これでライブラリ内の #ifdef DEBUG が有効になりました。