まんまなのですが日本語でメモ
$parent.$index
って方法もあるみたいですが、複雑になってくると階層とか一々数えてられないので、明示的に以下のように設定する方法が一番良いと思いました。
<div ng-repeat="(fIndex, f) in foos">
<div>
<div ng-repeat="b in foos.bars">
<a ng-click="addSomething(fIndex)">Add Something</a>
</div>
</div>
</div>