Settings>Packages>autocomplate-plus>SettingsのUse Core Movement Commandsでチェックを外す。
Settings>Keybindings>your keymap fileにて以下を記述。
'body atom-text-editor.autocomplete-active':
'ctrl-p': 'autocomplete-plus:move-up'
'ctrl-n': 'autocomplete-plus:move-down'
'tab': 'autocomplete-plus:move-down'
'shift-tab': 'autocomplete-plus:move-up'
'enter': 'autocomplete-plus:confirm'
ついでに自分は文字入力中の手動で補完に行く場合はctrl+spaceがMac自体で設定しているショートカットとかぶるので、以下のようにTabに変更している。
'atom-text-editor':
'tab': 'autocomplete-plus:activate'