Spring BootでThymeleafを使おうと思うとデフォルトではThymeleaf 2.1系が使われますが、Spring Boot 1.4からは、Thymeleaf 3.0系もサポートされ自動コンフィギュレーションされます。

Thymeleaf 3.0系の適用方法

Thymeleaf本体 + (Thymeleaf Spring)
Thymeleaf Layout Dialect
Spring Security Dialect （※利用する場合のみ）
Data Attribute Dialect （※利用する場合のみ）
Java 8 Time API Dialect （※利用する場合のみ）

のバージョン管理用のプロパティ値を変更するだけです。以下は、投稿時点(2016/8/11)の最新バージョンを利用する際のプロパティ値の設定例です。

pom.xml

<properties>
    <!-- ... -->
    <thymeleaf.version>3.0.1.RELEASE</thymeleaf.version>
    <thymeleaf-layout-dialect.version>2.0.1</thymeleaf-layout-dialect.version>
    <thymeleaf-extras-springsecurity4.version>3.0.0.RELEASE</thymeleaf-extras-springsecurity4.version>
    <thymeleaf-extras-data-attribute.version>2.0.1</thymeleaf-extras-data-attribute.version>
    <thymeleaf-extras-java8time.version>3.0.0.RELEASE</thymeleaf-extras-java8time.version>
</properties>

Thymeleaf 3.0を適用してSpring Bootを起動してみると・・・

以下のようなWARNログがでます

コンソール

...
2016-08-11 11:21:11.924  WARN 56624 --- [  restartedMain] org.thymeleaf.templatemode.TemplateMode  : [THYMELEAF][restartedMain] Template Mode 'HTML5' is deprecated. Using Template Mode 'HTML' instead.
...

これは、Spring BootのデフォルトがHTML5になっているためです・・・（Spring BootのデフォはあくまでThymeleaf 2.1系なので・・・）

テンプレートモードをHTMLにする

Thymeleaf 3.0系では"HTML5"というモードが非推奨ということなので、ログメッセージどおり推奨の"HTML"に変更しましょう。テンプレートモードを変更する場合は、以下のような設定を加えるだけです

src/main/resources/application.properties

spring.thymeleaf.mode=HTML

Note: HTML5自体が非推奨というわけではない

あくまで"HTML5"というモードが非推奨になっただけで、HTML5が非推奨というわけではないので誤解しないでくださいね
http://www.thymeleaf.org/doc/articles/thymeleaf3migration.html#full-html5-markup-support

まとめ

Thymeleaf 3.0系では、テンプレートを記載するマークアップ言語としてXHTMLじゃない普通のHTMLが利用できるようになったり、HTML系以外のモード(TEXT、JAVASCRIPT、CSS、RAW)が追加されていたりします。また、大幅なパフォーマンス改善が行われたらしいので、Thymeleaf 2系から乗り換えることを検討した方がよさげです。

テンプレートモードとしてTEXT指定すると、テキストメールを送る時のテンプレートエンジンとしてThymeleafが使えるのかな？ FreeMarkerとかVelocityはもう不要！？（VelocityはSpring的に非推奨になったので使う気全くないけどw）

Spring Boot 1.4でThymeleaf 3.0系を使うための設定方法

Thymeleaf 3.0系の適用方法

Thymeleaf 3.0を適用してSpring Bootを起動してみると・・・

テンプレートモードをHTMLにする

まとめ

参考サイト