mysql5.5.3からは[mysqld]の文字コードの設定は、default-character-set=utf8は使えなくなり、character-set-server=utf8を使う。
※5.1でもdefault-character-setは非推奨なので、character-set-serverを使った方が良いかもしれない。
[mysqld]以外はdefault-character-set=utf8を使う。
設定ファイル
[mysqld]
character-set-server=utf8
[mysql]
default-character-set=utf8
[mysqldump]
default-character-set=utf8
参考
option_mysqld_default-character-set
option_mysqld_character-set-server
文字コードの変更を反映するには、データベースを作り直さないといけないらしいので、初期設定で文字コードの設定は忘れずに。