AutoLayout を有効にすると、 Constraints を設定できるようになりますが、
The selected views have no constraints. At build time explicit left, top, width, and height constraints will be generated for the view.
と表示されて設定できないことがあります。
こんなときは、まず該当の View Controller (scene) を選択してから、メニューの
Editor > Resolve Auto Layout Issues > Add missing constraints
を選択すると Constraints が復活します。