Xcode 8.2 以降でSimulatorの「Save Screen Shot (⌘S)」するとシミュレーターが落ちますね。
これはAppleのXcode8のリリースノートのXcode 8.2 Updateの部分に下記のように記載されています。
Known Issues
Simulator can crash when saving a screenshot when running on OS X El Capitan. (29182710)
The crash does not occur on macOS Sierra.
El Capitanでsave screenshotすると落ちるよ。Sierraだったら落ちないよ。
まだEl Capitanの人残念・・・
とりあえずシミュレーター立ち上げて下記のコマンドで叩けばスクショは撮れます。
$ xcrun simctl io booted screenshot hoge.png
以上