追記(2015/05/13)
hubさんが2FAに標準対応したようです(たぶん1年以上前?).

GitHubをコマンドラインから操作するための便利ツールhub.
これをGitHubで2要素認証を有効化している状態でも使えるようにする.
(hubの使い方についてはREADME.mdもしくは「GitHubユーザーのためのhubコマンド - Qiita [キータ]」がわかりやすいです)
手順
アクセストークン生成
「New Personal Access Token」にアクセスし,新しいアクセストークンを生成する.
Token descriptionには自分がわかるような説明を書いておく.
Create Tokenをクリックしたらアクセストークンが生成され,下画像のような感じで表示されるのでコピーしておく.

hubの設定
~/.config/にhubというファイルを作成し,以下のようにyaml形式で保存する.
ACCESS_TOKENは先ほど生成しコピーした文字列,USERNAMEにはGitHubでのアカウント名(僕ならizumin5210)に置き換え.
—--
github.com:
- oauth_token: ACCESS_TOKEN
user: USERNAME
これで2要素認証が有効でも問題なくhubが使える.ちょーべんり.
