例えばranguba/rroongaからforkしたongaeshi/rroongaがあって、ranguba/rroongaの最新版を取り込みたいような場合。
ranguba/rroonga をremoteに fork_master といった名前で登録し、fetch->mergeすればよい
git remote add fork_master git://github.com/ranguba/rroonga.git
git fetch fork_master
git merge remotes/fork_master/master