GitHub for Windows または Git Shell のショートカットアイコンに異常が生じた際に、それらの修復を行います。
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Git Shell を起動
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GitHub.exe のパスをクリップボードに格納
Get-Command GitHub.exe -Syntax | CLIP
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Git Shell を閉じ、コマンドプロンプト、または PowerShell を起動し、
GitHub.exe --reinstall-shortcuts
補足
GitHub.exe には --reinstall-shortcuts 以外の入力も可能です。詳しくは GitHub.exe -help で確認できます。
蛇足
GitHub for Windows をインストールすると、Git Shell も一緒にインストールされます。この Git Shell は msysgit と異なり、何も設定せずとも日本語の入出力が可能なので便利です。