ln -sf
と上書きのオプションをつけていても対象がディレクトリだった場合上書きされない場合があります。
CentOS6.4, ln (GNU coreutils) 8.4 #上書きされない
Ubuntu12.04, ln (GNU coreutils) 8.13 #上書きされない
Fedora 18, ln 8.17 #上書きされる
Arch Linux, ln 8.21 #上書きされない
な感じです。 ln コマンドがそんなにバージョンアップしてた事自体に驚きが隠せないのですが、どのバージョンでも可能な対策があります。
対策
-n オプションを使う
-n, --no-dereference
treat LINK_NAME as a normal file if it is a symbolic link to a
directory
なので上書きしたい時は何も考えずに ln -snf としておくと良いでしょう。
忘れそうなら alias ln='ln -n'
とか .bashrc にでも書いておけばオッケーです d( ´ー `)
参考
linux - how to overwrite symblic link of directory? - Super User
http://superuser.com/questions/645842/how-to-overwrite-symblic-link-of-directory