Bash on Ubuntu on Windows 上で GROMACS 最新版をビルド

  • 1
    Like
  • 0
    Comment
More than 1 year has passed since last update.

人柱シリーズその2。
※ その1 → Qiita: Bash on Ubuntu on Windows 上で PyMOL をインストールして起動したまでは良いものの分子を表示できなかった話

Bash on Ubuntu on Windows のインストール自体については その1他記事 をご参照ください。

ちなみに、最新版でない GROMACS (v4.6) は apt-get でそのまま入るのでビルド作業は要りません。

下準備

基本的に 公式インストラクション の通りにやれば大丈夫です。

"CMake version 2.8.8 or later" を入れておけと書いてあるので入れます。

sudo apt-get install cmake

あと、make の段階で 「"makeinfo" が無い」 と怒られたので追加しました。

sudo apt-get install texinfo

※ texinfo に makeinfo が含まれているようです。

GROMACS の最新版ソースは 公式 からダウンロードしてください。

ビルド

公式インストラクション の通りにやるだけです。
オプション はお好みで。

tar xfz gromacs-5.x.x.tar.gz
cd gromacs-5.x.x
mkdir build
cd build
cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON
make
make check
sudo make install
source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC

make check で走る regressiontests も
image
大丈夫そう。

image

image

はい。

その他

Windows で GROMACS を動かす試み

産総研: 「GROMACSと連携ソフトウエアによる分子動力学計算 updated」
 これは MinGW、tdm-gcc でビルドしてるっぽい。
GROMACSをVisual Studioでビルドする話
 苦労したみたいです。

今後は Bash on Windows 上での実行も選択肢としてアリかもしれませんね。
現状 対応していない GPU は使えませんが。