libxml 2.9.0以降のバージョンでnokogiri 1.6.3とかをbundle install
しようとするとハマります。もちろんgem install
でもハマります。
対策として
--with-xml2-include=/usr/include/libxml2/
するといいです。
まとめると、bundlerを使うなら
user@local ~$ bundle config build.nokogiri --use-system-libraries --with-xml2-include=/usr/include/libxml2/
user@local ~$ bundle install
すればいいです。