$('input[name="checkbox"]').attr("checked",true);
ではなくて、
$('input[name="checkbox"]').prop("checked",true);
attrだと挙動が不安定。
理由は調べてないからわからない。
attrは、HTML属性を取得する、propはjavascriptでの属性を取得する。
true か falseはjavascriptでの属性。
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