これまでAndroid開発でannotation processingを実行したい場合はhvisser/android-aptを利用するのが王道となっていましたが、Android Gradle plugin version 2.2から公式にサポートが開始されました。
Migrationのwikiを見れば移行はスムーズである事が分かるかと思います。基本的にはaptをannotationProcessorに置き換えるだけで利用できます。
DroidKaigi2016のリポジトリにもPRを作りましたので合わせて参照下さい。
機能面では原則同等のものが提供されており、android pluginの方ではjavacとjack両方に対応しています。
現在認識されている問題としては、Test configurations絡みのバグがある事とAndroid Groovy pluginをサポートしてない事が挙げられていますが、今後は原則として公式の機能を利用していった方が良さそうです。