はじめに

以下のような環境で PHPUnit をステップ実行する手順を記載します。似たような情報はいくつか見つかったのですが、ローカルとリモートのフォルダ構成が異なる場合に設定が必要な Path Mappings のところが書いてなかったり、UI が少し違っていたりました。誰かのお役に立てば幸いです。

手順

Preferences > Build, Execution, Deployment > Deploy で + を押します。Add Server 画面で name を vagrant、type を SFTP に設定して OK。
Connection タブに vagrant との接続設定を書きます。 Connection タブはこんな感じになると思います。
Mapping タブはこんな感じになると思います。
Preferences の Languages & Freamworks > PHP に CLI Interpreter という項目があり、この ... を押します。CLI Interpreters という画面がポップアップするので、+ を押して Remote... を追加します。Vagrant を選び、接続情報を入力し、OK。
さらに OK を押して、CLI Interpreters に Remote PHP 7.1 がセットされたことを確認して OK。
Path mappings の ... をクリックして Edit Project Path Mappings を開きます。
+ を押して列を追加し、 Local Path と Remote Path 配下のフォルダ構成が一致するようにそれぞれのパスを設定します。
Preferences の Languages & Freamworks > PHP > PHPUnit で +。プルダウンが出るので By Remote Interpreter を選びます。下記のように設定して OK。

Edit Configurations ... をクリックし、Run/Debug Configurations を開きます。
+ を押し、PHPUnit をクリックし、以下のように設定します。File はテストコード (xxxTest.php など) を指定します。なぜか File を二回指定しないと Class に文字列が入ってこない現象が頻発しています。同じ現象が発生した場合は再度 File から同じファイルを指定してみてください。
作成した Configuration
を選択しをクリックします。うまく動作するとこんな感じになります。
ブレークポイントをしかけて Debug してみましょう。

以上です。