これだけ
node_modules入れ直しの例.
// node_modulesを消して
rm -rf node_modules
// 新たに入れ直し（必要に応じてsudo）
npm install
なんで？
バージョンをあげたら、node_modulesは新しい処理系でビルドし直す必要があるからということです。でも、たまに消さなくても動いちゃうことがあるのでややこしいという。
おまけ
npm installして起動したのにエラーが出る場合は、エラーメッセージで吼えているnpmを探しましょう。
大方、該当のnpm入れ直すと改善します。一度uninstallしてからまたinstallしましょう
swig-email-templates入れ直しの例.
npm uninstall swig-email-templates
npm install swig-email-templates